Médico, naturalista, historiador, etnólogo y lingüista. Fueron sus padres Rafael Alvarado y Gracia Benigna Marchena. En el colegio La Concordia de El Tocuyo, regentado por Egidio Montesinos, recibió la influencia de los clásicos literarios y el conocimiento del latín, aspectos que serán decisivos en su vida intelectual. En 1871 viajó a Trujillo para finalizar el bachillerato. Al poco tiempo, la carencia de recursos por parte de su familia le obligó a dejar los estudios y trabajar como dependiente en una farmacia de Barquisimeto. No obstante, en 1878 se trasladó a Caracas para iniciar estudios de medicina. Durante este lapso estuvo en contacto directo con la intensa vida política del momento, caracterizada por el predominio de Antonio Guzmán Blanco. En lo intelectual pudo conocer el marco doctrinal del positivismo, representado en las enseñanzas de Adolfo Ernst y Rafael Villavicencio. En tal sentido, Lisandro Alvarado vio confrontada su visión religiosa y tradicionalista de la vida con las nuevas concepts científicas de fines del siglo XIX. En un primer momento, el positivismo influirá en sus investigaciones en el campo de la etnografía, la historia, el lenguaje, así como por su interés por varias culturas antiguas y modernas. En este período Alvarado compartió su saber científico con César Zumeta, Luis López Méndez y José Rafael Revenga, dando conocer sus primeros trabajos alrededor de 1882.