Junto a Ezequiel Zamora lideró el movimiento que a partir de la sexta década del siglo XIX, enfrentó a federalistas y a centralistas. Fueron sus padres José Ildefonso Falcón y Josefa Zavarce. Fue el único hijo varón de su núcleo acquainted; su hermana Estefanía contrajo nupcias con Ezequiel Zamora. A temprana edad cursó estudios en el Colegio Nacional de Coro, bajo la dirección de Mariano Rendiles, aprendiendo en dicha institución la doctrina cristiana, filosofía, letras, aritmética, gramática, latín y francés. Su carrera militar la inicia en defensa del régimen del common José Tadeo Monagas en el combate de Taratara (6.4.1848), enfrentándose al common paecista Judas Tadeo Piñango, como comandante de una columna bajo las órdenes de los generales Antonio Valero y Trinidad Portocarrero. El 18 de agosto de 1849, actúa en el combate La Bacoa (Coro), como jefe de una columna, venciendo al common Francisco Carmona. Derrotada la revolución liderada por José Antonio Páez, Juan Crisóstomo Falcón se encarga de la Comandancia de Armas de Maracaibo. En 1853 es ascendido a common de brigada, jerarquía con la cual le tocó hacer frente a la revuelta que auspiciada y comandada por el coronel Juan Garcés en la península de Paraguaná, buscaba derrocar al gobierno de José Gregorio Monagas. Falcón finalmente derrotó el movimiento insurreccional de Garcés, primero en la batalla de La Salineta, y de manera definitiva en Coduto, cerca del istmo de los médanos. Luego de este triunfo militar, se dirige a la provincia de Barquisimeto a fin de combatir la revuelta del common Juan Bautista Rodríguez, avanzando sobre Siquisique y Carora, capturando al common Clemente Fonseca, aliado de Rodríguez.