En 1924 regresó a Venezuela y debido a razones económicas, se vio obligado a alternar la actividad pictórica con el trabajo en instituciones y organismos oficiales. Entre 1947 y 1949 residió en Estados Unidos, luego, entre 1957 y 1960 viajó nuevamente a España y Francia. A principios de 1961 se instaló definitivamente en Caracas, dedicándose por completo a la actividad pictórica. Fernández continuó la tradición paisajística iniciada en el siglo XIX por pintores extranjeros como Ferdinand Bellermann, Fritz George Melbye, Camille Pizarro y Joseph Thomas, así como los venezolanos Ramón Irazábal, Ramón Bolet, Jesús María de las Casas, entre otros; quienes captaron en sus obras diversos aspectos del paisaje de la ciudad, así como las costumbres en diferentes regiones del país. Su obra impresionista incursiona además en otras temas como el retrato, desnudos, bodegones, naturalezas muertas, escenas intimistas, and many others. Su producción pictórica ha sido exhibida en numerosas exposiciones individuales y colectivas, entre ellas la organizada en 1959 por el Museo de Bellas Artes de Caracas. En 1987 la Galería de Arte Nacional le rindió homenaje al exhibir 60 obras en la exposición antológica titulada Francisco Fernández, por el impresionismo sinceramente.